过去3小时内，广东深圳光明区（包括公明、凤凰、马田街道）累计雨量已达大暴雨级别，预计未来2小时还将出现40-60毫米降水。深圳市气象台于12时35分在上述区域发布了暴雨红色预警信号。
与此同时，罗湖区、南山区、福田区、盐田区、宝安区、珠江口、深圳湾、龙岗区（包括南湾、坂田、布吉、横岗、吉华、园山街道）、光明区（玉塘街道）和龙华区（包括民治、龙华、大浪街道）也出现了强降雨，预计未来2小时还将有30-40毫米的降水。深圳市气象台在同一时间对这些地区发布了暴雨橙色预警信号。
深圳市已进入暴雨紧急防御状态，相关部门提醒市民迅速做好防御工作，远离低洼易涝等危险区域，特别注意防范暴雨引发的内涝、山洪、滑坡、泥石流、地面塌陷等灾害。
6月16日午间，“深圳教育”微信公众号发布信息称，目前深圳市分区暴雨红色预警、分区暴雨橙色预警、分区暴雨黄色预警信号以及深圳市雷电预警信号和地质灾害气象风险预警均处于生效中。根据相关规定，全市停课措施启动，6月16日下午全市（不含深汕特别合作区）中小学、幼儿园及培训机构停止上课。12点前所有学生需留在教室内，12点后继续留在学校，学校将妥善安排午餐与午休。
面对复杂多变的天气情况，深圳明确了“预警自动停课、分区预警全市停课、分时段预警停课应对”三项机制。当台风黄色、橙色、红色，暴雨红色或强季风红色预警信号生效时，托儿所、幼儿园和中小学将自动停课。未启程上学的学生不必到校，已在上学途中的学生应就近寻找安全场所暂避或在确保安全的情况下回家。学校需妥善安置在校学生，并在确保安全的前提下安排学生离校回家。
鉴于深圳市辖区较小且存在跨区上学的情况，只要某一区域发布了达到停课标准的预警信号，全市中小学即统一停课。不过，这一规定不适用于深汕特别合作区。
此外，深圳市还制定了《台风暴雨高级别预警分时段学校防御指引》，为不同时间段内的暴雨红色预警信号生效时学生是否上学提供了具体指导。例如，若暴雨红色预警信号在上学前（6:30前）或上学途中（6:30-8:00）生效，则全日停课；如果是在上午在校时段（8:00-12:00）生效，则继续上课；午休和下午上学途中（12:00-14:30）生效则下午停课；而下午在校时段（14:30后）生效则继续上课。学校不得拒绝学生进校园或强制要求家长接回学生，全力保障学生安全。
