侵华日军在进行细菌战的过程中，为了检验细菌武器的效能，进行了大量以活人为材料的实验，并且是在不用麻药的情况下进行的直接解剖，在整个战争期间中国大约有20万人死于侵华日军的人体实验，其残忍程度绝无仅有。
在臭名昭著的731部队中，用活人进行的实验就多达数百种，花样繁多，手段残忍。以下为当年侵华日军向中国和苏联政府所做的供诉。
竹内丰，曾担任日本陆军医院中尉军医。在1954年11月他的供诉中这样写道:“我在中国山东省济南市北支那方面军济南陆军医院内科病室任军医中尉时，1943 年 8 月 1 日至 31 日，被派到济南北支那防疫给水部济南支部。在我未去之前，该支部长为了做研究实验，从济南宪兵分队要来了11 名八路军俘虏。为了试验细菌战用的伤寒菌感染力，用 9 名八路军俘虏作了接种试验。我到该支部当天，就在支部长、医学博士冈田军医大尉的命令下，协助细菌室主任、医学博士木村军医大尉做试验工作。木村军医大尉为了作细菌感染力试验，将八路军俘虏做了活体解剖。
1943 年 8 月 6 日，我细菌室主任木村军医大尉的指示，命令细菌室卫生下士官将解剖室的器材准备好，命令 3 名卫生兵将感染伤寒菌的两名八路军俘虏，抬到解剖室。先将一名放置在解剖台上，用绳绑住上下肢固定好后，我命令卫生下士官给他进行全身麻醉，又命令 2 名卫生兵作拿器械的助手，我作手术助手，木村大尉执刀，从腹壁正中切开，我用大钝钩将创口拉开，木村大尉查看脾、肝、肠的病变后，将肠拉出腹腔外，详细检查肠管的病变。我将肠管病变处切除一部分后，将内脏塞回腹腔。继而进行胆囊穿刺，采出胆汁后，将腹壁缝合，最后，静脉注入吗啡液，将其杀害。
接着我又命令卫生下士官将另一名八路军俘虏固定在解剖台上，施以全身麻醉，我作手术助手，木村大尉执刀，从腹部正中切开，查看了脾、肝、肠等处的病变。我将肠管病变处切除，取了一部分作为标本之用，用胆囊穿刺取胆汁以备培养，然后将内脏塞人腹腔，进行了腹壁处理。木村大尉
将吗啡注入俘虏静脉将其杀害。我将肠管的一部分装入标本瓶中贮藏起来。木村大尉取了另一部分制作了切片标本。以上我们做活体解剖杀害的两名八路军俘虏，由支部长与济南宪兵队联系。令宪兵用卡车将尸体运走了。”
731部队分部长柄泽十三夫则在苏联做出了如下供诉： “我两次到安达站打靶场那里，亲身参与过在野外条件下用活人来实验细菌的作用。第一次是在 1943 年末，当时有 10 个人被押到打靶场上来，他们被绑在事先就栽在土里彼此相隔 5 米的柱子上。然后就在距他们 50 米以外的地方，藉电流爆发了一颗开花弹。结果有几个受实验的人饮弹片炸伤，立刻就受到了炭疽病的传染，因为这炸弹内面就装的是这种病菌。”
“第二次我到打靶场上去参加实验，是在 1944 年春季；当时解来了 10 个人，也和第一次一样，把他们都绑在柱子上，然后在距离受实验者约 10 米的地方，爆发了一颗装有鼠疫细苗的炸弹。”
731部队研究员上田弥太郎1953年11月10日供诉：“1943 年 4 月上旬，我在七、八号房内量体温时，听到有中国人的喊叫声，我即前往去看，见有警备班员二名、冻伤班工作员三名，用一盆冰水，将中国爱国者一名的手浸入水中，在一定时间后拿出，又用小电扇吹，致使受实验的人痛喊倒地，这是进行残忍的冻伤试验。”
