三个月大的婴儿为什么不建议长期食用益生菌？

宝宝三个月大了，本来一直母乳喂的好好的，结果这几天喂他奶时，发现他开始不喜欢吃了，还不停的哭闹，担心孩子是不是身体出了什么问题，我就带他去了医院检查，医生说孩子只是消化不良，开点益生菌促消化就可以了，既然益生菌效果这么好，我就问医生是否可以长期给孩子吃，但医生不建议这样做，这是为什么呢？